Prince of Tennis cuenta la historia de Ryoma Echizen, un joven prodigio del tenis de 12 años, que entra en el colegio Seigaku al volver a Japón después de vivir varios años en los Estados Unidos, donde se proclamó vencedor de varios torneos juveniles.

Arrogante y presuntuoso, a Ryoma sólo le interesa derrotar a su padre, Nanjiro Echizen, ex jugador profesional, y no siente demasiado interés por el club de tenis del Seigaku. No obstante, poco a poco irá dándose cuenta de que aún tiene cosas que puede aprender como tenista y, aunque no quiera reconocerlo, también como ser humano.

Tras lograr ganarse un puesto en el equipo de titulares, Ryoma acompañará a sus compañeros en los curiosos entrenamientos que realizan para mejorar su forma física y habilidad tenística mientras se preparan para el torneo clasificatorio que les llevará a enfrentarse con otros colegios y a los más variopintos rivales en su intento de llegar a las finales del torneo nacional.